La Modernización de Embarcaciones constituyó el segundo subsidio de mayores recursos en el periodo 2011-2016. En esta categoría se incluyen tanto la flota de altura, como la ribereña. El subsidio aparece como un apoyo general para las embarcaciones mayores, mientras que para las embarcaciones menores se puede distinguir entre el apoyo para la sustitución de motores, embarcaciones, sistemas de conservación a bordo (o hieleras) y sistemas de localización.

En general, se considera que los subsidios destinados para la modernización que incrementan la capacidad pesquera representan un riesgo de sobrepesca, si no son acompañados de aspectos de manejo y regulación.